"Modificar" algo que foi escrito na tela não é algo difícil. Neste post mostra-se como fazer isso em Windows, utilizando o Compaq Visual Fortran 6.6. O procedimento deve ser semelhante para outros compiladores e outros sistemas operacionais.
Basta declarar uso da biblioteca que permite manipular a saída padrão (Standard Output) obter o handle (identificador) da mesma, posicionar o cursor no local que se deseja modificar o que foi escrito, e escrever o que quiser.
Em outras palavras...
PROGRAM MAIN
USE DFLIB !PARA PODER UTILIZAR A FUNÇÃO SLEEP
USE DFWIN !PARA TER ACESSO ÀS FUNÇÕES RELACIONADAS AO CONSOLE
INTEGER :: I, HANDLE1 !UM INTEIRO PARA A PORCENTAGEM,
!OUTRO PARA O IDENTIFICADOR
TYPE(T_COORD) WPOS1 !PARA ARMAZENAR A POSIÇÃO
LOGICAL LSTAT1
!OBTENDO O IDENTIFICADOR DA SAÍDA PADRÃO
HANDLE1 = GETSTDHANDLE(STD_OUTPUT_HANDLE)
! POSIÇÃO ONDE SE VAI ESCREVER
WPOS1.X = 0 ! 0 CARACTERES PARA A ESQUERDA
WPOS1.Y = 0 ! 0 LINHAS PARA BAIXO
DO I=1,100
!POSICIONANDO
LSTAT1 = SETCONSOLECURSORPOSITION(HANDLE1, WPOS1)
!ESCREVENDO
WRITE(*,*) I,'%'
!ESPERANDO
CALL SLEEPQQ(200)
END DO
END PROGRAM MAIN
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